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Tout récemment, j’ai installé sur mon PC un « serious game » qui m’était inconnu, malgré son lancement en 2008 (il est évident que je suis plus à la pointe :)).
L’objectif de ce jeu qui pourrait s’apparenter à un « casse-tête » est infiniment louable puisqu’il a pour but d’aider la science par le biais d’un vrai projet scientifique, en faisant collaborer l’intellect de milliers de joueurs à travers le monde pour faire avancer la recherche scientifique, notamment médicale et biologique.

On ne saurait donc trouver plus prêt de l’esprit libre et innovant qui fait la beauté de l’Internet, parfaitement dans la vrai mouvance de ce que devrait toujours être le web 2.0, ouvert et collaboratif (oui, je m’enflamme mais en même temps, j’écris en écoutant « so long, Marianne » de Leonard Cohen, cela n’aide pas !)

serious game foldit

Le principe : des puzzles de protéines

Le but de ce serious game est dans son principe assez simple : faire travailler le joueur sur des puzzles en 3D à résoudre pour faciliter la prévision du repliement des protéines. Ce sujet essentiel de la capacité à comprendre la structure des protéines permet pour les chercheurs de mieux déterminer les zones où les médicaments seraient les plus efficaces en terme d’action.

Comme ce sujet est l’un des plus compliqué qui existe dans le domaine de la recherche, l’idée des créateurs de ce jeu fut donc de tenter de mettre à contribution le cerveau de chacun, suivant l’hypothèse que des milliers de cerveaux seraient plus à même de tester des combinaisons d’intuitions plutôt que de confier seulement cette tâche à des calculateurs informatiques, sachant que le cerveau humain possède de bien meilleurs capacités de raisonnement dans l’espace que le plus puissant des ordinateurs.

Après le lancement du jeu, on se retrouve donc rapidement à triturer de magnifiques molécules modélisées en 3D, plus ou moins complexes suivant le niveau souhaité, afin de parvenir à une structure optimale, répondant à un certain nombre de règles découlant des propriétés chimiques de leurs éléments et du respect des règles de chimie élémentaires (isomérie, chiralité, représentations sous forme de formules de Lewis et respect des règles de Zaïtsev et de Markovnikov…). Ne m’en demandez pas plus, mes cours de chimie organique sont bien trop loin. Au final, on triture, on manipule, on enlève, on rajoute, on « freeze », pour combiner le maximum de possibilités en vu d’obtenir une structure protéinique viable et stable (conformations), avec évidemment le score le plus élevé. Ces conformations de structures de protéines sont ensuite envoyés à différentes équipes de chercheurs travaillant dessus pour les tester.

L’interface est des plus simple, tout comme l’installation, même si le logiciel à parfois tendance à planter sous Windows 7 (étonnant !!). Pour contrer cela, pensez à bien lancer le jeu en mode « administrateur ».

serious game foldit

Après, il faut admettre que l’on prendra un peu de temps à se familiariser avec les règles expliquées dans chaque puzzle de molécules, surtout si l’on n’est pas scientifique dans l’âme. Pour autant, ce logiciel est vraiment réservé à tout le monde, sans connaissances pré requises en chimie. Et si l’on suit de façon précise le tutoriel, tout se mettra rapidement en place, pour peu qu’on y consacre un peu de temps, et que l’on comprenne l’anglais.

Il faut avouer d’ailleurs que ce tutoriel est assez bien conçu, et permet de transformer n’importe quelle novice de la chimie organique en amateur, au travers de puzzles à la difficulté croissante et sur de multiples thématiques (chaînes protéiniques, ossature, liaisons hydrogènes, séquences…). Le problème est que l’on est trop souvent pris par la main, avec des étapes à suivre trop précises, alors qu’au contraire les actions que l’on réalisent, les outils que l’on utilisent, et leurs conséquences sur la structure que cela impliquent sont par contre loin d’être explicites.
En ce moment justement, je suis en train de me battre pour corriger une erreur dans mes liaisons, et ensuite je passerais à un puzzle un peu plus compliqué…

tutorial foldit

Le but : faire avancer la recherche scientifique, et déjà des succès

En misant donc sur la recherche collective, le but est donc bien de faire avancer la science, en combinant un aspect ludique, la possibilité de mise en réseau que confère l’informatique et la science. Et le peu que l’on puisse dire, c’est que cela marche. Notamment si l’on se réfère à l’article paru dans la très sérieuse revue scientifique Nature en septembre dernier, qui annonçait une percée majeure dans le décodage de la structure d’une enzyme proche de celle du virus du sida.
Et si les chercheurs menant cette recherche se sont échinés dessus pendant près de 10 ans, il n’a fallu que deux semaines à une équipe opérant sur FoldIt pour réussir à décoder la structure de cette enzyme. Au point que la revue Nature a décidé d’inclure le nom des joueurs en tant que co-auteurs de la découverte.

Après s’être exercé sur les puzzles du tutoriel, on pourra passer aux choses sérieuses et tenter d’améliorer son « rank » et son score face à des joueurs du monde entier, soit lors de batailles (contests) sur le temps passé à résoudre un puzzle, ou alors, plus intéressant, en s’attelant à résoudre le puzzle d’une structure protéinique qui bloque les chercheurs. De nouveaux casses-têtes sont ainsi régulièrement ajouté à la liste (actuellement, de nombreux puzzles planchent sur le cas de la grippe/ »flu ») pendant un temps donné.

menu foldit

Ce qui intéressant également est l’aspect « sociale » de FoldIt avec son comportement de jeu (action, réfléchi, travail en profondeur…), la possibilité de travailler en équipe sur des puzzles en constituant des « équipes de travail ». Ce n’est pas encore un réseau social, mais on trouve tous les ingrédients du travail collaboratif propre aux « 2.0 ». Et selon votre profil, vous pourrez intégrer différents types d’équipes qui se sont constitués sur FoldIt : ceux qui préfèrent travailler la protéine brute, ceux qui interviennent à mi-parcours, ou ceux qui se penchent sur les finitions pour renforcer la stabilité.

Un lien pour télécharger ce « serious game » nommé Foldit

Et une vidéo sur les « serious games » biologique:

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